本发明公开了一种音频指纹生成系统及方法，首先对目标音频进行离散傅里叶变换，得到所述目标音频相关数据；然后将所述目标音频相关数据组合为对应的二维信号强度矩阵，在所述二维信号强度矩阵中确定极值和所述极值的时间频率信息，最后调用组合锚点原则对所述极值对应的时间频率信息进行分析，得到目标音频的音频指纹；所述音频指纹生成系统包括数据采集模块、颜色图像生成模块、信号强度极值模块、组合锚点分析模块和数据库添加单元；本发明采用组合锚点原则可以进一步扩大音频指纹的哈希空间，降低指纹间碰撞的概率，增加了音频指纹的匹配速度；进一步降低数据库的大小有助于后续的数据库并行查找，大大缩短了指纹检索时间。