本发明公开了一种用硅藻土固定芽孢杆菌发酵生产杆菌霉素D的方法，属于生物技术领域。在枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)fmbJ(CGMCC No.0943)的发酵过程中添加硅藻土将fmbJ固定化发酵，从而能显著提高枯草芽孢杆菌的次级代谢产物杆菌霉素D的产量，并且在不添加任何新鲜种子液的条件下，能够反复发酵，并显著提高杆菌霉素D产量。该方法不仅增加了杆菌霉素D的产量，还提高了原材料的利用率，降低生产成本，其发酵结束后的副产物(吸附枯草芽孢杆菌的硅藻土)还可用于制作微生物制剂，可以在粮食贮藏、果蔬保鲜以及动物饲料中得到应用。