本发明公开了一种从甜荞壳中提取分离黄酮单体物质的方法，属于食品加工技术领域。本发明中分离纯化甜荞壳所含的黄酮物质的主要工艺过程为：样品预处理、甜荞壳总黄酮的提取、大孔树脂对甜荞壳黄酮的粗分离、聚酰胺树脂以及Sephadex LH‑20葡聚糖凝胶对甜荞壳黄酮的进一步纯化等过程得到的六种黄酮单体物质，即牡荆素、异牡荆素、金丝桃苷、荭草素、异荭草素以及芦丁。本发明工艺以甜荞壳这种农业副产品为原料，分离纯化得到六种富含药用价值的黄酮单体物质，纯度可达99.5％，大大提高了甜荞麦这类农产品的综合利用率。