本发明提供一种混菌固态发酵制备菜籽活性肽的方法，将通过压榨或浸出制油工艺得到的菜籽粕粉碎，获得粉碎的菜籽粕；将枯草芽孢杆菌、乳酸菌或产朊假丝酵母之一与雅致放射毛霉或宇佐美曲霉复配，制备发酵剂；将所述发酵剂接入所述粉碎的菜籽粕，进行固态发酵；加水提取所述固态发酵后的培养基，分离去除残渣，得到菜籽活性肽的粗提液；将所述粗提液经过脱色、脱盐和干燥获得菜籽活性肽。该方法对环境友好，反应条件温和，能充分发挥微生物的蛋白酶水解作用和降解硫甙作用，是一种低成本、适合工业化大批量制备菜籽活性肽的方法。