本发明提供一种菜籽蛋白饲料，为固态粉末或颗粒物，蛋白质含量35％～50％(N×6.25，干基)，水溶性氮含量25％～35％，小肽含量10％～25％，均为重量百分比，硫甙含量5～15微摩尔/克菜籽蛋白饲料。本发明还提供该菜籽蛋白饲料的制备方法，将枯草芽孢杆菌、乳酸菌或产朊假丝酵母之一与雅致放射毛霉或宇佐美曲霉复配，制备发酵剂；将发酵剂接入粉碎的菜籽粕，进行固态发酵，然后将培养基质经灭菌、干燥、粉碎，获得富含小肽的菜籽蛋白饲料。该制备方法对环境友好，反应条件温和，能充分发挥微生物的蛋白酶水解作用和降解硫甙作用，是一种低成本、适合工业化大批量制备菜籽蛋白饲料的方法。