本发明提供一种混菌固态发酵制备生物活性专一的菜籽肽的方法，采用枯草芽孢杆菌、乳酸菌或产朊假丝酵母之一与雅致放射毛霉或宇佐美曲霉复配，制备发酵剂；将该发酵剂接种于粉碎的菜籽粕，进行固态发酵；提取固态发酵后的培养基，得到菜籽肽的粗提液；将所述粗提液分离纯化、灭菌、干燥即得生物活性专一的菜籽肽。该方法对环境友好，反应条件温和，能充分发挥微生物的蛋白酶水解作用和降解硫甙作用，是一种低成本、适合工业化大批量制备菜籽活性肽的方法。