本发明提供一种微生物固态发酵制备生物活性专一的菜籽肽的方法，包括以下步骤：将具有产蛋白酶能力的单一菌种如自枯草芽孢杆菌、乳酸菌、雅致放射毛霉、米曲霉、宇佐美曲霉或产朊假丝酵母固态发酵粉碎的菜籽粕，然后提取固态发酵后的培养基，得到菜籽肽的粗提液，通过分离纯化、灭菌、干燥即得生物活性专一的菜籽肽。该方法对环境友好，反应条件温和，能充分发挥微生物的蛋白酶水解作用和降解硫甙作用，是一种低成本、适合工业化大批量制备生物活性专一的菜籽肽的方法。