本实用新型公开了一种高通量检测巯基类化合物的表面增强基底装置，包括基底且基底为96独立孔阵列，每个独立孔内自下而上依次铺设有琼脂糖层及表面增强拉曼有效载体层,表面增强拉曼有效载体层的材质为银纳米粒子,96孔板的长为127毫米-128毫米，宽为85毫米-86毫米，独立孔高度为14毫米-15毫米，独立孔直径为6毫米-7毫米；本实用新型所设计的高通量检测巯基类化合物的表面增强基底装置制作过程简单、成本较为低廉、使用方便、体积小、便于实现，具有较为广阔的应用前景。