本发明涉及一种反胶束提取菜籽蛋白的后萃方法，该方法工艺简单，蛋白质变性程度大大减小，蛋白提取率高，表面活性剂的损失显著降低；节约水资源，并降低工业生产中的能耗。所述的反胶束提取菜籽蛋白的后萃方法为：用反胶束溶液提取菜籽蛋白，得到前萃液，前萃液经真空浓缩，除去反胶束溶液中的有机溶剂后加入缓冲溶液，萃取分离，得到菜籽蛋白的水溶液。用反胶束溶液提取菜籽蛋白的方法如下：将菜籽粕粉加入反胶束溶液中，在超声波作用下进行萃取，然后经固液分离得到前萃液。所述所述真空浓缩的方法为旋转蒸发，水浴温度控制在50～70℃。本发明工艺简单，节约资源，生产成本低，操作条件温和，蛋白质提取率高。