本发明公开一种新型粮仓分层通风方法及其系统。本发明通过在粮仓地面和粮堆内部分别架设水平通风道，在静压箱处架设垂直风道将两层风道相连通于仓外通风机形成双层通风系统，将粮堆划为若干通风区域，利用导风翻板的转换、上阀门的开关和风机的进风和吸风方式相结合，实现正向或反向的分层通风作业，相对于传统的地上笼地槽通风系统，有效通风降水粮堆高度提高1倍，通风均匀性好，基本达到无死角，通风效率高，结构简单合理，设备成本低，能耗低，可满足高大平房仓的高粮堆降温和就仓干燥作业的需要。