本发明涉及微生物液态发酵制备菜籽肽的方法，充分发挥微生物的水解蛋白质作用和降解硫甙作用，可以有效提高产品的可溶性氮含量和生物活性。所述微生物液态发酵制备菜籽肽的方法，包括以下步骤：(1)将菜籽粕粉与营养液混合制备液态发酵培养基；(2)将微生物接入液态发酵培养基，进行液态发酵；(3)发酵后的液态培养基经固液分离，得到菜籽肽的粗提液；(4)粗提液经提纯得到菜籽肽。所述有产蛋白酶能力的菌种为雅致放射毛霉、宇佐美曲霉、枯草芽孢杆菌、乳酸菌或产朊假丝酵母。本发明生产工艺简单，利用微生物液态发酵，产生多种代谢产物和酶类，充分发挥其水解蛋白质和降解硫甙作用，提高产品的可溶性氮含量、生物活性和菜籽肽得率。