本发明提供一种耐久肠球菌素突变体、编码基因及其应用，涉及食品领域。耐久肠球菌素突变体，其氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示。本发明还要求保护耐久肠球菌素突变体的编码基因和应用。本发明耐久肠球菌素突变体具有较广抑菌谱、较高活性和稳定性，制备方法简单，有望应用于食品级防腐剂领域。