本发明涉及一种分步酶解制备高产抗炎菜籽肽的方法。该方法利用脱脂菜籽粕提取菜籽分离蛋白，并通过碱性蛋白酶和复合风味蛋白酶分步酶解获得高产抗炎菜籽肽。在抑制LPS(脂多糖)诱导小鼠巨噬细胞中NO释放实验中，证明分步酶解制备的高产抗炎菜籽肽有良好的NO抑制率。本发明的优点在于利用常见双酶有效的提高了菜籽肽的产量，同时获得了具有抗炎活性(ICso=0.97mg/mL)的菜籽肽，制备方法简单、可靠。