本发明公开了一种活性炭串联大孔树脂纯化菜籽肽的方法。该方法采用活性炭和DA201-C大孔吸附树脂串联处理碱性蛋白酶和复合风味蛋白酶分步酶解得到的酶解物，得到低盐、色浅、低抗营养因子、高产的小分子纯化菜籽肽。本方法在生产应用中具有极高的实用性；同时，将为其它蛋白水解物的串联精制研究提供一种思路。