本发明提供耐久肠球菌素突变体及其编码基因，涉及食品领域。耐久肠球菌素突变体，其氨基酸序列如SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:5所示。本发明制备所述耐久肠球菌素突变体的方法，包括如下步骤:将携带有耐久肠球菌素突变体编码基因的载体导入宿主菌，诱导所述宿主菌表达耐久肠球菌素突变体。本发明耐久肠球菌素突变体K24A和K28A均具有较高活性和稳定性，制备方法简单，有望应用于食品级防腐剂。