本发明提供一种粮食真菌污染情况的快速检测方法及其应用，涉及用微生物检测领域。所述方法，包括如下步骤：将污染有对照真菌的粮食分别与无菌粮食混合均匀，得到污染各对照真菌的粮食样品或污染不同浓度对照真菌的粮食样品；采用傅里叶变换衰减全反射红外光谱仪，采集污染各样品在特征波段的红外光谱图及数据；对各样品的红外光谱数据进行主成分分析，提取主成分分值，运用线性判别分析或偏最小二乘判别分析建立不同类别或不同浓度真菌鉴别模型，验证鉴别模型的可靠性；采集待测粮食样品在所述特征波段的红外光谱图及数据，采用所述模型确定待测粮食样品中污染的真菌种类或浓度。本发明方法可以迅速对粮食中污染霉菌进行定性和大致定量。